第三，生命主体计划的出现，意味着灵的诞生是在生命大分子形成的过程中，核酸和蛋白质的合成具有特殊的意义。蛋白质的合成需要核酸的信息(指令)，核酸的合成需要蛋白质(酶)的催化，蛋白质是在原始地球的条件下形成的。蛋白质是由不同的氨基酸通过肽键以一定的顺序连接而成的肽。氨基酸序列是蛋白质的一级结构，决定着蛋白质的空间结构和生物功能。蛋白质是一种含氮的生物大分子，分子量大，结构复杂。比如血红蛋白的分子式是C3032H4816O812N780S8Fe4。

蛋白质的结构如此复杂，恰恰说明蛋白质的形成应该是在类程序的指导下逐步进化形成的。如果不是，仅靠分子偶然相遇和恶劣的物理条件是不可能做到的，因为这种机会几乎等于零。但是，自组织形成的蛋白质虽然有蛋白质的成分，但没有核酸就无法自我复制。所以这种蛋白质在体内还不具备蛋白质的很多功能，我们可以称之为类蛋白质，但这种类蛋白质的自组织程序功能与程序的指令非常接近，离程序的形成只有一步之遥。当类蛋白程序接近指令程序时，它不满足于现状，会通过各种方式让自己成为程序指令。于是，在机遇的光顾下，类蛋白程序终于遇到了一种特殊的物质，——个核苷酸。

核苷酸链由核苷和磷酸组成。在由氨基酸组成的肽链形成的力场作用下，脱氧核苷酸中的四个碱基核苷酸——腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)会组装成一条长长的核苷酸链。因为这个核苷酸链是在类似程序的指导下形成的，核苷酸链中的碱基配对可能会标记蛋白质。这些信息的准确性会随着时间的通过以及核苷酸链与蛋白质链中信息的相互作用而逐渐增加，最终核苷酸链会成为类蛋白链的识别码。此时，类蛋白质和类核苷酸程序将发生本质变化，类蛋白质自组织程序将成为核苷酸链上的程序指令。这时，蛋白质和核酸已经通过程序化的对应形成了逐渐稳定的互补结合关系，真正意义上的蛋白质和核酸就此产生了。RNA蛋白质合成过程的建立形成于进化的早期阶段。或者说氨基酸核苷酸的序列在聚合开始时是完全随机的，但是一旦第一个聚合物(尤其是核酸)形成，这个聚合物就可以影响其他聚合物的形成。核酸本身的互补化学特性(物质本身的性质)会起到很大的作用。例如，如果核酸链A-A-A.是先聚合的，这个链会作为模板来影响后面核酸链的合成，也就是U-U-U.将比其他核苷酸链更容易生成。虽然原始海洋中的核酸合成没有生物催化剂，但无机催化剂是存在的，所以核酸的聚合和复制在原始海洋中是有条件的。错误可能发生在最初形成的多核苷酸的自我复制过程中。通过重复复制和错误，可以从原始模板产生完全不同的多核苷酸链。由于分子中不同的核苷酸序列和互补碱基，这些多核苷酸(RNA)具有不同的立体结构。不同的立体结构会导致各种RNA复制的不同难度和稳定性。在实验室中已经看到，那些容易复制且稳定的RNA在一定条件下会成为优势物种。多肽也是由氨基酸的随机组合形成的。如果RNA遇到适合自我复制的蛋白质(酶)，这个RNA就“强”了。因此，RNA的类型会受到自然选择的影响。在自然选择过程中，通过竞争形成的优势物种繁殖速度快，繁殖准确，产品稳定。根据外界条件，某些RNA会在它所携带的信息和功能中占主导地位。此外，一些由氨基酸随机聚合而成的多肽也具有催化作用，一些蛋白质也可能催化一些RNA的复制。如果某些RNA能指导蛋白质的合成，而蛋白质又能催化自身的复制，那么这种RNA在自然选择中就会很强。而蛋白质核酸，它们也形成了维持自身存在的一致倾向，这使得它们呈现出一种存在主义，即生命主体性，不同于自身。这样，通过物质的反应性和适应性(类程序)两个阶段，自然最终演化为具有程序指令及其独立组织的主体程序，主体和作为主体而存在的生命同时诞生，从而诞生了宇宙的精神。

主体性表现为程序命令性，主体的本质是指令生物自主自动运行的程序，即主体程序。主体程序的运行过程表现为精神性，所以精神的本质是主体程序。这样，主体、主体程序和精神本质上是一致的，是宇宙长期进化到蛋白质和核酸阶段后，由量变到质变的必然结果。宇宙进化赋予生命的程序，有点类似于现在的计算机程序。本质上都是指令程序，只是指令的组成和功能有很大不同。人生节目有主观性，是主节目。然而，目前的计算机程序只是一个被动的手工设计的程序，并不具备主要的性能。生命的指令程序从一开始就是主体，否则就无法运行程序，这使得它大大超过了现在的计算机，生命的指令程序只是在运行速度上低于计算机。生命的指令程序之所以是主体，根源在于他的无奈。他只能在自然的进化中形成和创造自己的主体性。生命的本质是我，但在人类的“自我”视野中，我是迄今为止最不可思议的存在。我该如何从一个只有被动的死气沉沉的世界中脱颖而出，成为一个有独立组织的动态存在？这是一个仅用自然规律无法解释的问题，但可以用信息论来解决。我是一个主体概念，他的本性是自私的，即有维护自身生存和利益的本质倾向。自私是节目主体的本质特征，自私是宇宙进化最光辉的一面。由于自私，自私主体的存在具有一定的条件，为自组织进化的加速提供了充分的保障。我开始宇宙的内化，逐渐突出最主要程序的内化。就这样，从那时起，宇宙在内化(主程序的内部进化)和外化(生命的外部进化)的双重作用下，发展出了迄今为止最丰富多彩的进化过程。作为一个主体程序，我不能独立存在，它必须与现实相结合，才能成为我。这个现实显然不同于自然存在的现实，因为他有主体。这种主观性主要体现在三个方面：1。功能性，构建自动获取能量的功能系统；2.生存能力，主体具有维持自身生存的本能，会通过适应环境来调节自己，主要表现为对外界的适应性调节，如刺激调节、安全调节、生长调节、活动调节等。3.生殖，主体可以通过基因遗传复制自己的程序片段来体现主体自我的延伸。这一主题的上述三个方面反映在其程序中。程序性是主体的本质，没有程序，主体性就无法体现。但是，程序只是主体的必要条件而非充分条件。判断一个程序能否成为主体，关键在于它是否具备上述三个特征。所以现在的计算机程序离主观性还很远，这就需要计算机软件的快速发展来逐渐接近主观性和智能。主体的上述三个特征，足以说明生命中自我自由的完全超越。他是一种不同于自我存在的自我存在，所以叫自我存在。作为主体程序，我显然是在宇宙演化过程中自发形成的。所以我是一种自发的主体程序，我是这种自发的主体程序的载体，我们可以称之为生命体。基于心理主体程序的形成而出生后，初级阶段的生命体由于主体程序相对简单，不足以感知其心理活动。这时的精神活动只能主要表现为生命体的本能需求，生命体还需要不断的完善和进化。

总结：蛋白质和核酸产生后，也形成了维持其存在的一致倾向。比如合作，再生。